Le comité de direction et ses dirigeants assurent la gouvernance des activités et orientations de la SAAQ.
La présidente et chef de la direction est nommée par le gouvernement sur recommandation du conseil d'administration de la SAAQ. En tant que responsable de l'administration, Nathalie Tremblay :
Le comité de direction est composé de 8 membres, soit la présidente et chef de la direction, Nathalie Tremblay, 6 vice-présidents nommés par le conseil d'administration, et la directrice des affaires juridiques.